本室是新疆农业大学校级重点实验室。2006年又获教育部批准，成立了棉花工程研究中心部级重点实验室。长期以来我们针对新疆棉花生产中的关键问题，开展了大量的研究工作。由我室前任主
“十一五”以来我室主要针对棉纤维品质和抗病虫问题，开展棉花新品种选育工作及棉花转基因育种研究工作，已培育出早中熟中长绒陆地棉新品种5个，新品系多个。所培育的三个品种以其纤维品质的协调性与综合性状优良，居国内同品种先进水平，填补了我区这一领域的空白。对新疆棉花品质结构调整起了重大推广作用。2003年新陆中15号被农业部确定为重点推广品种之一。2005年获自治区科技进步二等奖。
本室建筑面积300�，拥有大型仪器设备60台件左右，价值人民币约350万元。另有温室40�，选、育种田南北疆各30亩。
本室有研究人员9人，其中高级以上职称占67％，具有研究生以上学历占78％。博士2人，在读博士生4人，现有硕士生25人。
目前承担国家自然基金项目、国家“863”项目、国家转基因重大专项等多项，年到位经费达到150万元。
培育的棉花新品系中，已有多个参加自治区棉花区试，初步反馈意见良好。另外还培育了一批高产、优质、抗病虫棉花新品系。
我室在棉花转基因研究中取得了突破性的进展，建立了海岛棉、陆地棉农杆菌介导转基因的高效转化技术体系，并获国家发明专利。已将我院自行研制的抗蚜基因SATI，转入中长绒陆地棉和海岛棉中。
我们还承担了棉花分子标记辅助选择的研究项目，构建了与棉花纤维品质、抗病性及抗旱性有关的分子标记连锁遗传图谱。主要针对产量、品质及抗病性等性状进行了QTL定位并正在开展标记辅助选择与中的工作，力图找出合适新疆棉花快速聚合育种的新途径。
另外，结合新疆实际情况还开展了棉花抗旱、耐盐碱及抗旱耐盐功能基因的发掘工作。
