新疆农业大学农学院棉花遗传育种创新团队在棉花种质资源中检测出1000余份具有研究价值的资源，并从中筛选出育种骨干亲本近500份，利用转基因和分子标记技术创制出300余份育种优异种质，已审定棉花新品种3个，参加预试、区试品系6个。近年来重点开展陆地棉、海岛棉的抗虫、抗病、抗旱基因转化研究，获得了转基因抗虫、抗病棉新品系。2018年申请了国家抗虫转基因安全性评价新农大棉13号，同时申请了国家转基因中间试验新品系5个。
新农大棉1号，2016年3月26日通过甘肃品种审定委员会审定（审定编号：甘审棉2016003号），2018年3月通过新疆品种审定委员会进行引种（引种编号：新引棉（2018）002号），与新疆天盛禾农业科技发展有限公司、石河子市三山种业有限责任公司开展了生产经营权的转让合作。
新农大棉4号，2019年2月28日通过甘肃品种审定委员会审定（审定编号：甘审棉20190004号），该品种属特早熟棉，具有品质好产量高的特性。铃壳薄，单铃重6.5克，单株结铃6.9个；平均棉纤维长度31.8 mm，比强32.6 cn/tex，马克隆值3.82，反射率77.5 %，伸长率6.8 %，黄度7.3。在2016～2017年区域试验中，平均亩产折合皮棉156.8㎏，比对照酒棉10号增产11.0 %。在2018年甘肃省棉花品种生产试验中平均皮棉产量在168.8～186.2 kg，比对照酒棉10号增产6.7 %～9.3 %。
新棉144，2019年3月13日通过辽宁品种审定委员会审定（审定编号：辽审棉2019004）。该品种株型较紧凑，长势强，株高76.5 cm，结铃性强，单铃重5.5克，单株结铃8.8个；新棉144纤维品质较好，绒长34.1 mm，衣分42.2 %，整齐度指数86.0 %，断裂比强度36.2 cN/tex，马克隆值4.6，伸长率6.4%。综合指标达到Ⅱ型常规棉品种的标准。
部分获奖及专利
