棉花工程研究中心于2006年获批建设，在12年的建设发展中，中心瞄准国家棉花产业发展的重大战略需求，紧紧围绕丝绸之路经济带棉花生产中存在的重大科学技术问题，凝练形成了“种质资源创新与新品种选育”、“棉花生产技术研究与应用”、“棉花机械装备研发与推广”等3个具有鲜明地域特色与学科优势的研究方向。

棉花工程研究中心依据3个研究方向，建成了“种质资源创新与新品种选育”、“高产栽培与生理生态”、“棉花有害生物生态调控”、“棉花养分高效利用”、“棉花水分高效利用”和“棉花生产机械化装备”6个功能实验室，面积5361平方米，新增万元以上设备298台件，价值3351.58万元，并在阿克苏和沙湾建成2个棉花中试基地470亩。

棉花工程研究中心专职研究人员58人，其中教授27人。专职研究人员中具有博士学位的人员所占比例为70.7%，45岁以下年龄的人员所占比列为51.7%。中心培养出博士10人、硕士245人。

棉花工程研究中心共承担项目178项，其中国家自然科学基金项目41项，省部级137 项，经费总额9463.6万元。获省部级以上奖励22项，其中国家科技进步二等奖2项、国家优秀教学成果二等奖1项；水利部大禹奖一等奖1项、自治区科技进步一等奖5项、二等奖10项、三等奖3项；审定棉花新品种2个，获国家发明专利20项、实用新型专利14项、中国软件著作权5个，制定地方标准5个，发表论文539篇，其中被SCI收录49篇，EI收录11篇；编写出版高校教材9部。

新增“水利工程”、“作物学”和“农业工程”3个一级学科博士学位授权点，新增“农业资源与环境”和“植物保护”2个一级学科硕士学位授权点，“水利工程” 和“作物学”学科分别遴选为自治区高峰学科和高原学科。

棉花工程研究中心整体学术水平、研究开发能力在国内同学科中处于先进行列，部分学科方向、研究领域达到或接近国际先进水平。

2018年7月完成验收，自治区教育厅于2019年1月31日下发获批文件。