作物工程系是由原作物栽培、耕作及农业气象等教研室合并而成（1993年），现有两个实验室，一个技能实验室，面积151平方米，实验室现有仪器设备99台，价值202万元，制作农作物标本100多盒，可开出实验项目27个，包括验证型、综合型和设计型，涵盖了栽培、耕作、农业生态、农作等多个学科，现有教授4人，副教授5人，讲师2人，实验师1人，共计11人，其中具有博士学位5人，在读博士2人，一人获新疆维吾尔自治区普通高校第五届教学名师，五人分别担任中国耕作制度研究会常务理事、中国棉花学会常务理事、中国作物学会种子专业委员会副主任、新疆农学会常务理事、新疆作物学会常务理事。

本系是新疆农业大学作物栽培学与耕作学的硕士和博士学位授予权的最基本支撑机构，为自治区级作物栽培学与耕作学教学团队。面向农学、环境、经贸、林学、动医等学院相关本科专业开设作物栽培学、农作学、农学概论、农业生态学、农业气象学、农业推广学、作物形态观察、作物生产技能、科技论文写作、专业外语等课程；有关作物学方面的实验教学、实习及科研的任务，不仅保证了本科教学实验的正常进行，而且为硕士、博士生、教师从事高水平研究提供了有利条件。同时面向研究生开设高级作物生理学、作物高产理论与实践、高级农作学等课程。其中作物栽培学为自治区级精品课程，农作学为校级精品课程。“十五”以来已培养研究生近百人。